Les recours gracieux sont traités par les administrations qui ont prononcé le refus, et donc par l'ambassade de France à La Havane. Je doute donc que votre dossier ait été adressé à l'administration centrale en France. En tout état de cause, le ministère compétent en matière de visas est le ministère chargé de l'immigration, et non le ministère des affaires étrangères. J'ai donc l'impression que la consule à La Havane ne vous dit pas la vérité.
Cela étant, elle craint probablement que la fille de votre mari ne profite d'un visa de court séjour pour s'installer définitivement en France. Je suppose que cela est déjà arrivé.
Vous pouvez déposer un recours devant la Commission de recours contre les refus de visa (CRRV), mais les délais sont très longs. Etant donné qu'il s'agit d'une visite familiale d'une jeune fille chez son père, je vous conseillerais plutôt de tenter un recours hiérarchique auprès du ministère de l'immigration, sous-direction des visas, rue de la Maison Blanche à Nantes. Votre dossier sera traité plus rapidement que par la CRRV.