Il n'y a pas de contrôles aux frontières entre la France et l'Espagne. Vous n'avez donc pas de souci à vous faire en ce qui concerne le vol intraSchengen Paris-Madrid.
En tout état de cause, le visa de transit aéroportuaire n'aurait pas constitué une solution car c'est un visa qui n'autorise pas l'entrée dans l'espace Schengen, or vous y êtes déjà!
En revanche, je ne sais pas comment les autorités espagnoles vont réagir pour votre vol Espagne-Pérou, car là vous serez contrôlé à l'aéroport pour sortir d'Espagne. Je sais qu'en France, les étrangers qui sont en situation irrégulière parce qu'ils ont dépassé la validité de leur visa et qui sortent doivent payer une amende. Mais on ne les empêche pas de sortir.